La reserva está ubicada en los Departamentos Itapuá y Caazapá en la Cordillera San Rafael, un levantamiento geográfico en el oriente paraguayo, con elevaciones de hasta 500 metros. Con una superficie de 73.000 hectáreas (730 km²), es el mayor fragmento intercomunicado del originario Bosque Atlántico del Alto Paraná en Paraguay. San Rafael es el ámbito natural de numerosas especies singulares de la flora y la fauna, pero también de las comunidades de los indígenas Mbya, habitantes autóctonos de Paraguay que todavía viven de forma parcialmente tradicional.
La metodología de trabajo, propone el desarrollo de cuatro fases: FASE I: Análisis situacional o Contextual; FASE II: Sistematización y análisis de información;FASE III: Identificación, análisis y discusión con metodologías participativas. MAG (Metodología de Análisis de Grupo); FASE IV: Talleres de trabajo para promover el análisis y discusión.
Los trabajos de recolección de información se realizará en conjunto con la SEAM como principal Institución responsable de la verificación y validación del Libro Blanco, se centrarán en análisis de datos cualitativos y/o cuantitativos, recopilación y procesamiento de la información previamente elaborada sobre San Rafael y la base de datos que comprenden todos los documentos históricos, mapas, informes, estudios comparativos o estadísticos y otros relacionados al área.